Prowadzenie sklepu internetowego wiąże się z kosztami, których część łatwo zauważyć, a część jest ukryta w codziennych procesach. Wynajem magazynu, wynagrodzenia pracowników, materiały do pakowania czy opłaty kurierskie to dopiero początek. Do kosztu logistyki e-commerce należy doliczyć wyposażenie magazynu, systemy informatyczne, energię, obsługę zwrotów i czas potrzebny na koordynowanie całego procesu. Dopiero zestawienie tych elementów pokazuje, ile kosztuje realizacja pojedynczego zamówienia.